Permasalahan konflik yang terjadi saat ini antar partai, daerah, suku, agama dan lain-lainnya ditenggarai sebagai akibat dari ketidak puasan atas kebijaksanaan pemerintah pusat, dimana segala sumber dan tatanan hukum dinegara ini berpusat. Dari segala bentuk permasalahan baik politik, agama, sosial, ekonomi maupun kemanusiaan, sebenarnya memiliki kesamaan yakni dimulai dari ketidakadilan yang diterima oleh masyarakat Indonesia pada umumnya sehingga menimbulkan ketidakpuasan terhadap pemerintah pusat, terutama bila kita meninjau kembali kekeliruan pemerintah masa lalu dalam menerapkan dan mempraktekkan kebijaksanaannya. Dalam kasus Papua penyebab timbulnya disintegrasi bangsa juga terjadi karena perlakuan yang tidak adil dari pemerintah pusat kepada pemerintah daerah khususnya pada daerah-daerah yang memiliki potensi sumber daya/kekayaan alamnya berlimpah/ berlebih.
Adapun strategi yang digunakan dalam penanggulangan disintegrasi bangsa antara lain :
a. Menanamkan
nilai-nilai Pancasila, jiwa sebangsa dan setanah air dan rasa
persaudaraan, agar tercipta kekuatan dan kebersamaan di kalangan rakyat
Indonesia.
b. Menghilangkan
kesempatan untuk berkembangnya primodialisme sempit pada setiap
kebijaksanaan dan kegiatan, agar tidak terjadi KKN.
c. Meningkatkan ketahanan rakyat dalam menghadapi usaha-usaha pemecahbelahan dari anasir luar dan kaki tangannya.
d. Penyebaran
dan pemasyarakatan wawasan kebangsaan dan implementasi butir-butir
Pancasila, dalam rangka melestarikan dan menanamkan kesetiaan kepada
ideologi bangsa.
e. Menumpas setiap gerakan separatis secara tegas dan tidak kenal kompromi.
f. Membentuk satuan sukarela yang terdiri dari unsur masyarakat, TNI dan Polri dalam memerangi separatis.
g. Melarang, dengan melengkapi dasar dan aturan hukum setiap usaha untuk menggunakan kekuatan massa.
